Это не правильно, вы не должны автоматически обновлять [AssemblyVersion]. Этот атрибут играет очень важную роль в процессе разрешения сборки, когда CLR ищет правильную версию сборки для загрузки. Хотя это только дискриминация, когда сборка хранится в GAC. Предпочтительно, его следует изменять только тогда, когда разработчик вносит критические изменения в открытый интерфейс сборки, который может сделать его непригодным для использования в приложении, которое иначе не перекомпилируется с обновленной ссылочной сборкой.
Вы всегда можете обновить [AssemblyFileVersion]. Это также версия, которая отображается в Проводнике, когда вы смотрите на вкладке Свойства версии. Теперь вас больше не волнует, что файл снова зарегистрирован.
Для сравнения то же самое было сделано со сборками .NET из .NET 2.0 через .NET 3.5 SP1. Все стандартные сборки остались на версии сборки 2.0.0.0, версия файла менялась тысячи раз. То, что эти изменения всегда были совместимы, - довольно трудный шаг для подражания.