Используйте HashMap
вместо HashSet
и этот класс в качестве значения:
class Counter {
public int frequency;
}
addWord()
тогда выглядит так:
public void addWord (String word) {
Counter c = map.get (word);
if (c == null) {
c = new Counter ();
map.put(word, c);
}
c.frequency ++;
}