Вам нужно проверить, что cls не определено или нет по коду обновления, как показано ниже.
У меня есть образец вашего набора кодов, фон хорошо работает.
for(e=0;e<occs.length;e++){
if(occs[e][0] == year && occs[e][1]==mon && occs[e][2]==dt){
if(cls == null || cls == undefined){
alert("not found cls");
}
cls.style.backgroundColor = "rgba(100,240,100, 1)" ;
cls.innerHTML += "<b>*</b>" ;
}else{
cls.style.backgroundColor = "rgba(255,255,255, 1)" ;
};
};
let cls = document.getElementById("test");
cls.style.backgroundColor = "rgba(100,240,100, 1)" ;
<div id="test">Test background</div>