Sqlite3 не имеет встроенной поддержки шифрования. Существуют расширения ( CEROD ), которые поддерживают шифрование, но код не является общедоступным, его необходимо лицензировать. У Apple нет, поэтому включенная версия sqlite3 не поддерживает зашифрованные базы данных CEROD. Если у вас есть такая, вам нужно самостоятельно оплатить лицензионный сбор, создайте личную копию sqlite3, включающую CEROD, и используйте ее.
Если вы используете CEROD и создали собственный sqlite3, поддерживающий его, вы бы открыли базу данных следующим образом:
sqlite3_open(":cerod:%s:%s", [password UTF8String], [filename UTF8String], &database);
Если вы не говорите о CEROD, тогда я понятия не имею, что вам сказать, поскольку любые другие расширения шифрования являются полностью проприетарными.