Несколько столбцов с предложением IN еще не поддерживаются данными Spring.
Вы можете использовать аннотацию @Query для пользовательского запроса, как показано ниже:
@Query( "select o from MyObject o where groupId in :gids and userId in :uids" )
List findByIds(@Param("gids") List groupIdList, @Param("uids") List userIdList);