Вторая кнопка (b2) не видна на JFrame.
Все 3 компонента l1, l2 и b2 видны на JFrame, а JButton b2 - нет.
public void Joptionpane(int a)
{
l1=new JLabel("Your score is :" + a);
l2=new JLabel("Do you want to continue ?");
b1= new JButton("Yes");
b2= new JButton("NO");
add(l1);
add(l2);
add(b1);
add(b2);
l1.setBounds(150,10,400,50);
l2.setBounds(150,60,400,50);
b1.setBounds(200,130,100,50);
b2.setBounds(300,130,100,50);
Я установил макет на ноль
setVisible(true);
setLayout(null);
setTitle("Flappy Bird");
setSize(700,300);
setVisible(true);
setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);