Документация, на которую вы ссылаетесь, относится к Zend Framework 1, которая предшествует PHP пространствам имен.
Краткий ответ заключается в том, что вы можете структурировать код любым удобным для вашего приложения способом. Поскольку классы загружаются автоматически, не существует установленного шаблона, которому вы должны следовать - упорядочивайте вещи так, как вам удобно.