Джон Уэлдун прав, сборки из Visual Studio и MSBuild очень похожи, но иногда могут отличаться. Одним из случаев является то, что VS является более уступчивым по отношению к референсам. Допустим, у вас есть три проекта A, B и C. A зависит от B, а B зависит от C. Затем в VS, если проект A просто ссылается на B, тогда все в порядке, но MSBuild может жаловаться, потому что отсутствует ссылка на проект C.
Одна из главных причин, по которой существует некоторое различие, заключается в том, что в VS имеется главный компилятор, который используется для облегчения работы с IDE. Если вы хотите понизить свой интерфейс IDE, вы можете установить для свойства MSBuild UseHostCompilerIfAvailable значение false, чтобы заставить Visual Studio использовать MSBuild. Такие как
<PropertyGroup>
<UseHostCompilerIfAvailable>false</UseHostCompilerIfAvailable>
</PropertyGroup>
Я не предлагаю этого, но если вам это абсолютно необходимо, опция доступна для вас.