Если я правильно понимаю ваш вопрос, то spec.pgram производит на объекте класса spec, который строится с использованием метода plot.spec, который описан в документации следующим образом:
Построение графиков спектральных плотностей Метод построения объектов класса "spe c". Для многомерного временного ряда он строит граничные спектры ряда или парных участков когерентности и фазы перекрестных спектров.
Этот метод использует аргумент log, чтобы указать, действительно ли y ось будет использовать логарифмическую шкалу c Y. Вы можете потерять логарифмическую шкалу c, установив для нее «нет».
# code based on the example in the plot.spec documentation
require(graphics)
spectrum(mdeaths, spans = c(3,3))
par(mfrow = c(1,2))
plot(mfdeaths.spc, log = "yes")
plot(mfdeaths.spc, log = "no")
dev.off
