Нет разницы между Fortran 90 и Fortran 2003 в инициализации переменных. Весь действительный код Fortran 90 является допустимым Fortran 2003 и должен давать тот же результат (за исключением очень немногих непонятных угловых случаев, когда поведение, зависящее от компилятора, теперь определяется стандартом; это не один из них).
Теперь о том, почему вы можете увидеть разницу, трудно сказать, не зная, какие у вас компиляторы и что конкретно делает ваш код. Я сильно подозреваю, что вы полагались на поведение, зависящее от компилятора, и оно сломалось, когда вы сменили компилятор.