Как уже отмечали другие, встраивание WAR в WAR невозможно. Однако у меня может быть обходной путь для вас.
Большинство веб-контейнеров, с которыми я знаком, имеют режим / возможность «тестовое развертывание / автоматическое развертывание», при котором они автоматически развернут приложение, если WAR скопирован в правильный каталог.
Ваше приложение портала может, конечно, разрешать загрузку WAR, и оно может хранить загруженные байты в заданном каталоге под заданным именем файла. Ваш веб-контейнер может сделать все остальное. После этого вы можете сделать ссылку на новое приложение на своем портале или что-то еще. Все это относительно легко сделать.
Однако имейте в виду, что это ужасная идея, если есть какая-либо проблема безопасности. По сути, вы позволяете своим пользователям выполнять произвольный код на вашем сервере. Если вы не полностью доверяете всем потенциальным пользователям, чтобы они не были злонамеренными и не были совершенно компетентными (подумайте о бесконечных циклах), вы напрашиваетесь на большие неприятности.