Вы можете указать JXR, какие файлы индексировать, используя шаблон файла, следуя рекомендациям Ant. Например, чтобы включить все файлы Java в src / main / java и все источники в src / main / java2, должна работать следующая конфигурация в вашем файле:
<project>
...
<reporting>
<plugins>
...
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-jxr-plugin</artifactId>
<configuration>
...
<includes>
<include>src/main/java/**/*.java</include>
<include>src/main/java2/**/*.java</include>
<includes>
...
</configuration>
</plugin>
</plugins>
...
</reporting>
...
</project>