Не объединение, а итерация по фрейму данных, если это возможно:
df_merged = pd.DataFrame()
for index, row in df_today.iterrows():
if (row[0] != df_yesteday.loc[index,:][0]) or (row[1] != df_yesteday.loc[index,:][1]):
df_merged = df_merged.append(df_today.loc[index,:])
Это, однако, предполагает, что индексы фрейма данных согласованы, т.е. между ними не появляются новые индексы между днями.