В принципе, ваш фрагмент кода C должен использовать структуры данных C для более быстрой работы.
Насколько быстрее он будет выполняться, зависит от того, сколько данных будут содержать структуры данных (и сколько раз фрагмент кода C будет проходить через них).
Чем больше данных проходит, тем больше вы заметите снижение производительности при использовании собственных структур данных C.