После создания приложения Spring Initializr я запустил его, используя server.port = 9090 в application.properties, и оно заработало. После создания модуля (из IntelliJ), неожиданно, без каких-либо действий, application.properties игнорируется и он пытается снова запустить порт 8080 по умолчанию.
Вот структура: 
Общий проект пуст. Просто maven структура. Спасибо!
LE: Похоже, это связано с упаковкой дочернего модуля. Вставьте из моего предыдущего комментария: что я обнаружил сейчас, так это то, что из-за того, что у всех детей есть помпа, происходит это странное поведение. Ресурсы, не учитываются. Если я удалю тег упаковки, они будут приняты во внимание, НО maven clean install будет жаловаться на этого потомка, потому что не может найти зависимости .jar от других потомков (потому что у них есть упаковка pom) ...
LLE: В конце концов я нашел проблему, и я оставлю ее здесь, возможно, кто-то еще столкнется с ней. Итак, моя проблема заключалась в том, что помимо родительского pom. xml, который имел упаковку POM, были также дети с той же упаковкой. Когда я удалил их все из дочерних модулей, все работало нормально, включая maven-clean-install. Одним словом: упаковка POM только для родительского модуля