вы можете настроить пакеты и классы, которые вы хотите, указав Swagger, какие пути включать
.paths(Predicates.or(
PathSelectors.ant("/api/v1/pck1/**"),
PathSelectors.ant("/api/v1/pck2/**"),
PathSelectors.ant("/api/anotherpath/**"))
)
Пути определены в контроллере (не имеет значения, какой пакет)
package com.example.controller;
@RestController
@RequestMapping("/api/v1/pck1")
public class MyController {