Ну, я вижу два пути решения этой проблемы.
1) Использование простых ProcessBuilder
и выполнение команд оболочки, которые добавят и поместят указанный файл в репозиторий. Он будет выполнен внутри папки, что означает, что он будет находиться в области действия локального репозитория проекта.
2) Использование J Git, для этого вам потребуется установить репозиторий. Путь правильно:
Repository existingRepo = new FileRepositoryBuilder()
.setGitDir(new File("[Your project path]"))
.build();
Затем Вы можете использовать Porcelain API для добавления и pu sh нужного Вам файла.
Единственное, что Вам нужно учитывать, это то, что он должен немного проще предоставить учетные данные, используя Jgit
.