Вы можете найти разницу сами, если это всегда один и тот же формат. Немного странно называть amt_1 значением amt из набора данных2, но я сохранил его, как вы описали.
import pandas as pd
import numpy as np
import os
pathFolder_to_file = '*yourpath*'
# define the types of the columns
df_dtypes = {'ID': str,'Amt': np.float,'Orders': np.float,'Name': str}
df1 = pd.read_excel(io = pathFolder_to_file + '/dataset1.xlsx', dtype = df_dtypes, index_col="ID")
df2 = pd.read_excel(io = pathFolder_to_file + '/dataset2.xlsx', dtype = df_dtypes, index_col="ID")
# inner join assumes that df1 and df2 have the same ID in them
df = df1.join(df2, rsuffix='_1', lsuffix = '_2')
df["Diff"] = df["Amt_1"] - df["Amt_2"]
# filter out all records where there is no difference and print
diff_df = df[df["Diff"] != 0]
print(diff_df[["Amt_1", "Amt_2", "Diff"]])