Вы можете использовать
sed 's/"[^"]*"//g' file > newfile
См. онлайн sed
демо :
s='1,2,"a",4,"b","c",5'
sed 's/"[^"]*"//g' <<< "$s"
# => 1,2,,4,,,5
Подробности
Шаблон "[^"]*"
соответствует "
, затем 0 или более символов, отличных от "
, а затем "
. Матчи удалены, так как RHS пуст. Флаг g
сопоставляет все вхождения в каждой строке.