Визуализация ggplotly () в R Markdown github_document

Question

Интерактивные графики, созданные с помощью ggplotly() go вместе с выводом html_document в R Markdown, см., Например. RMarkdown и ggplotly . Однако для вывода github_document в файле предварительного просмотра HTML не отображаются графики ggplotly().

Я принял код из связанного сообщения SO и изменил только формат вывода в заголовке. Кто-нибудь знает, как правильно отображать сюжетные графики с этим видом вывода? Или, по крайней мере, если это вообще возможно?

---
title: "RmarkdownExample"
author: "fdetsch"
date: "April 16, 2020"
output: github_document
---

Here is the graph I generated. 

```{r setup, message = FALSE, echo = FALSE, warning=FALSE}
# Require
library(plotly)
# Create
dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
# Plot
g <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity)
# Call
ggplotly(g)
```

Answer 1

Для output: github_document я нашел обходной путь , который хорошо отображает графики ggplotly() с использованием iframes. Хитрость заключается в том, чтобы экспортировать виджет plotly как HTML и затем встраивать его как iframe. На мой взгляд, преимущество перед output: html_document с включенным keep_md состоит в том, что онлайн-файл .md просто печатает ссылку на промежуточный файл HTML вместо полного кода виджета, что делает его намного более аккуратным.

---
title: "Render `ggplotly()` graphs in `github_document`"
author: "fdetsch"
date: "`r Sys.Date()`"
output: github_document
---

Here is the graph I generated. 

```{r setup, message = FALSE, echo = FALSE, warning = FALSE}
# Require
library(plotly)
# Create
dsamp <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
# Plot
g <- qplot(carat, price, data=dsamp, colour=clarity)
# Call
p <- ggplotly(g)

```

```{r include, echo = FALSE}
htmlwidgets::saveWidget(p, "index.html")

htmltools::tags$iframe(
  src=file.path(getwd(), "index.html"),
  width="100%",
  height="600",
  scrolling="no",
  seamless="seamless",
  frameBorder="0"
)

```

По крайней мере, при открытии предварительного просмотра HTML во внешнем средстве просмотра появляется интерактивный график. В настоящее время программа просмотра RStudio (превью-версия 1.3.938) не может отобразить изображение.

Answer 2

Кажется, с github_document есть некоторые проблемы, см. здесь . Мой обходной путь: свяжите с html_document и сохраните полученный * .md-файл. Таким образом, заголовок YAML:

---
title: "RmarkdownExample"
author: "fdetsch"
date: "April 16, 2020"
output: 
  html_document:
    keep_md: true
---

Затем вы можете использовать файл md для загрузки на github.