Если вы видите исходный код Flatpickr, вы можете найти для очистки:
После открытия диалогового окна выберите ввод, затем нажмите кнопку клавиатуры Delete, затем нажмите клавиатуру Esc ключ
или можно добавить маленький значок внутри или снаружи ввода для очистки ввода, установив для свойства value значение null / undefined