Вы можете вставить значение в селектор, чтобы явно проверить этот ввод. Это некрасивый селектор, и, возможно, его можно сделать более эффективно, но он должен работать.
$('input[name="name123[data][]"]:checked[value="value-c"]').length
РЕДАКТИРОВАТЬ: На самом деле, глядя на ваши логики c, вы уже кэшировали входные данные в переменной, так что вы могли бы также сделайте ...
$input.filter('[value="value-c"]:checked').length
Это удалит дополнительный поиск DOM.