У меня есть 2D срезы 3D микро КТ изображения. Стек изображений доступен в формате .tif. В оригинальном исследовании 3D-реконструкция была выполнена с использованием программного обеспечения Imaris. Я хотел бы воспроизвести результаты, представленные в оригинальной статье. Однако у меня нет лицензии на Imaris.
Я пытался использовать 3D Slicer, программное обеспечение с открытым исходным кодом. Я мог загрузить изображения, но не смог сгенерировать объем 3D. Я могу предоставить дополнительную информацию, если кто-то работал над этим инструментом.
Я намерен создать трехмерный том из сегментированных изображений и отфильтровать скелет по его толщине. Отправьте это, я хотел бы удалить некоторые ветви скелета. Например, если есть 500 ветвей, я бы хотел уменьшить их на порядок, удалив ветви (выбрав конкретную область интереса). Я новичок в этой области, и я не уверен, какой инструмент можно использовать.
Любые предложения о том, как поступить, будут действительно полезны.