Есть ли способ получения координат из псевдо-временных графиков в Monocle?

Question

Я бы хотел провести дополнительный анализ некоторых pseudotime графиков, созданных с использованием пакета Monocle из Bioconductor.

Для этого я бы хотел получить координаты. Я знаю, что это можно сделать с помощью пакета gatepoints для точечных диаграмм, но будет ли это работать для pseudotime диаграмм?

Чтобы это работало, построенные данные должны быть в матричном или dataframe формате. например, см. код ниже. Я просто не уверен, что встроенный формат печати для pseudotime графиков, использующих Monocle.

a <- data.frame(pseudotime = c (1:11), gene_expression = c(0,1,4,9,16,25,36,49,64,81,100))
plot(a)
selectedPoints<-fhs(a)

Большое спасибо

Answer 1

Monocle использует ggplot2, поэтому вы можете получить данные из объекта графика. Например:

library("monocle")
library("ggplot2")
library("dplyr")

lung <- load_lung()
#> Removing 4 outliers
diff_test_res <- differentialGeneTest(lung)
ordering_genes <- row.names(subset(diff_test_res, qval < 0.01))
lung <- setOrderingFilter(lung, ordering_genes)
p <- plot_ordering_genes(lung)


coords <- data.frame(
  select(p$data, !!p$mapping$x),
  select(p$data, !!p$mapping$y)
)

p
#> Warning: Transformation introduced infinite values in continuous y-axis

plot(log10(coords$mean_expression), log10(coords$dispersion_empirical))