jQuery использует $ (). Прототип использует $ (). AFAIK Mootools использует $ (). Если бы это был конец, было бы невозможно использовать любую комбинацию из трех. Таким образом, ответственные структуры предоставляют способ отключить $ (), чтобы избежать конфликтов и использовать что-то еще. В случае с jQuery это jQuery ().
jQuery () рекомендуется более $ () для использования в плагинах jQuery, поэтому они продолжают работать, если вы отключите $ ().