Диалог не должен появляться, пока вы не вызовете метод registerForRemoteNotificationTypes. Я полагаю, вы звоните в appDidFinishLoading в данный момент? Просто переместите его в ту часть приложения, которая имеет отношение к push-уведомлениям.
Аналогичная ситуация с CoreLocation. Это может сбить пользователя с толку, если вы запросите местоположение пользователя, прежде чем ваше приложение укажет, зачем оно нужно.