Команда была взята из этого ответа . Тем не менее, упомянув здесь команду для будущих целей.
Чтобы отключить темную тему: defaults write com.oracle.workbench.MySQLWorkbench NSRequiresAquaSystemAppearance -bool yes
Чтобы снова включить темную тему: defaults write com.oracle.workbench.MySQLWorkbench NSRequiresAquaSystemAppearance -bool no