Вы можете устанавливать точки останова только для «распознанных» исходных файлов, например, вы можете устанавливать точки останова в. java -файле, если он находится внутри сконфигурированной исходной папки, либо следуя соглашению об именах по умолчанию, либо путем настройки пути в соответствующий диалог настройки. Вы не можете устанавливать точки останова, скажем, в файле свойств. По сути, если вы можете запустить его в своей среде IDE, у вас должна быть возможность устанавливать точки останова.
Что касается вопроса «почему это выглядит так», вы имеете в виду номера строк? Вы можете избавиться от них, щелкнув правой кнопкой мыши и сняв флажок «Показать номера строк».