Вы печатаете свои пробелы самостоятельно, используя
print(A[i][j], end= ' ')
^^^^^^^^
Я бы предложил сделать
A = [[ 1,2,3 ,4 ,5],
[16,17,18,19,6],
[15,24,25,20,7],
[14,23,22,21,8],
[13,12,11,10,9]]
for inner in A:
print(*inner)
Вывод:
1 2 3 4 5
16 17 18 19 6
15 24 25 20 7
14 23 22 21 8
13 12 11 10 9
без пробелов.