Нет. Cookie - это нормальный способ поддерживать сеансы на сервере через HTTP, и в правилах магазина приложений нет ничего, что могло бы их запретить (было бы абсурдно, если бы было ... хотя по общему признанию некоторые из правил магазина приложений являются странными; -).