Не запускайте файл .jar. Это библиотека. Вместо этого вам нужно ссылаться на него во время работы вашего файла класса, например
java -cp c:\program files\..\sqljdbc_2.0\enu\sqljdbc4.jar {yourclassfile}
Вы можете запустить файл .jar, если он настроен таким образом. Однако JDBC .jar не будет иметь соответствующей конфигурации, и вы должны думать о ней как о (скажем) .DLL.