Как правило, вы хотите добавить файлы, относящиеся к хранилищу root. Git позволяет добавлять абсолютные пути, но только если абсолютный путь разрешается к файлу, который находится внутри репозитория root, и каталог не должен содержать символьных c ссылок.
Вы не можете добавить что-либо с помощью указав путь, который включает символьную ссылку c. Ваши компоненты каталогов должны быть только каталогами, а не символическими c ссылками на каталоги.
Если вы укажете путь относительно вашего репозитория без каких-либо символических c компонентов ссылок, то он должен работать. Если вы хотите добавить символьную ссылку c, вы можете сделать это, но сама символическая ссылка c должна находиться в вашем хранилище, хотя она может указывать куда угодно.