Я пытаюсь провести анализ выживания гена 'TTN' при раке печени. Я использовал пакет TCGAbiolinks для загрузки данных LIH C. И для анализа выживания использовалась эта команда:
mafSurvival(maf = laml, genes = 'TTN', time = 'days_to_last_followup', Status = 'Overall_Survival_Status', isTCGA = TRUE)
, но это привело к ошибке " Переменная времени не числовая c"!
Это мой code:
library(maftools)
library(TCGAbiolinks)
library(tidyverse)
maf <- GDCquery_Maf("LIHC", pipelines = "muse")
clin <- GDCquery_clinic("TCGA-LIHC","clinical")
my_data <- as_tibble(clin)
# get column names
col <- colnames(my_data)
# Rename column where names is "Sepal.Length"
names(my_data)[names(my_data) == "bcr_patient_barcode"] <- "Tumor_Sample_Barcode"
names(my_data)[names(my_data) == "submitter_id"] <- "Tumor_Sample_Barcode"
names(my_data)[names(my_data) == "vital_status"] <- "Overall_Survival_Status"
names(my_data)[names(my_data) == "Dead"] <- FALSE
names(my_data)[names(my_data) == "Alive"] <- TRUE
laml = read.maf(
maf,
clinicalData = my_data,
removeDuplicatedVariants = TRUE,
useAll = TRUE,
gisticAllLesionsFile = NULL,
gisticAmpGenesFile = NULL,
gisticDelGenesFile = NULL,
gisticScoresFile = NULL,
cnLevel = "all",
cnTable = NULL,
isTCGA = FALSE,
vc_nonSyn = NULL,
verbose = TRUE
)
plotmafSummary(maf = laml, rmOutlier = TRUE, addStat = 'median', dashboard = TRUE, titvRaw = FALSE)
#oncoplot for top ten mutated genes.
oncoplot(maf = laml, top = 10)
#####################################Function_mafSurvival##################################
#Survival analysis based on grouping of Gene_name mutation status
mafSurvival(maf = laml, genes = 'TTN', time = 'days_to_last_followup', Status = 'Overall_Survival_Status', isTCGA = TRUE)
Буду признателен за любую помощь, чтобы сделать его пригодным для анализа surival с использованием пакетов maftools и TCGAbiolinks. Заранее спасибо.