Проблема заключалась в том, что я использовал очень старую версию Eclipse из-за загрузки ее с IDE Scala и не проверял, что Oxygen был выпущен в 2017 году. После обновления до последней версии все работает. Плагин Scala IDE тоже хорошо работает.
Редактировать: На самом деле не имеет значения, я не могу добавить точки останова (они не пропускаются, скорее они вообще не отображаются), и есть некоторые проблемы с окраской.
В любом случае, оригинальная проблема была решена