phpMyAdmin на самом деле просто использует веб-сервер ( apache2 или lighttpd ) для запуска - насколько я знаю.
Поэтому вы можете определить файл конфигурации для своего веб-сервера - пример apache2:
<VirtualHost 192.168.1.2:8080>
DocumentRoot "/phpmyadmin"
SSLEngine On
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/server.crt
SSLCertificateKeyFile /etc/apache2/ssl/server.key
ErrorLog "/var/logs/phpmyadmin-error.log"
CustomLog "/var/logs/phpmyadmin-access.log" combined
</VirtualHost>
phpmyadmin
обычно находится в /usr/share/phpmyadmin
при установке apt-get