проведение теста Тьюки на R - PullRequest
Новая
       14

проведение теста Тьюки на R

0 голосов
/ 26 марта 2020

Я пытаюсь провести тест Тьюки на данных (bmt), (KMsurv) и концентрируюсь только на переменных t2 и d3. t2: время выживания без заболевания (время до рецидива, смерть или конец исследования) d3: переменная показателя для заболевания без риска. d3 = 1, если умер или рецидив, или d3 = 0, если жив или не болен. Данные можно получить с помощью пакета KMsurv. Пациенты были сгруппированы в категории или группы риска, представленные переменной g в наборе данных. 

    g = 1; ALL (acute lymphoblastic leukemia) 38 patients
    g = 2; AML low risk (acute myeloctic leukemia) 54 patients
    g = 3; AML high risk (acute myeloctic leukemia) 45 patients

library(KMsurv)
data(bmt)
bmt
library(survival)

# run the ANOVA and print out the ANOVA table:
anova1 <- aov( group ~ t2+d3, data = bmt )
summary(anova1)


TukeyHSD(anova1)

Но появляется сообщение об ошибке 

Error in TukeyHSD.aov(anova1) :no factors in the fitted model In addition: Warning messages: 1: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: t2 2: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: d3

Я установил пакет multcomp, но я не уверен, нужен ли этот пакет.

Как я могу исправить эту ошибку?

1 Ответ

1 голос
/ 26 марта 2020

Я не вижу необходимости проводить ANOVA, поскольку ваш результат - безрецидивная выживаемость. Если вы действительно хотите, а затем выполните тест Тьюки, то команда будет выглядеть так: 

anova1 <- aov(t2 ~ factor(group), data = bmt)
summary(anova1)

               Df   Sum Sq Mean Sq F value  Pr(>F)   
factor(group)   2  7186442 3593221   7.115 0.00116 **
Residuals     134 67675770  505043

TukeyHSD(anova1)

  Tukey multiple comparisons of means
    95% family-wise confidence level

Fit: aov(formula = t2 ~ factor(group), data = bmt)

$`factor(group)`
          diff        lwr       upr     p adj
2-1  456.35673   99.72036  812.9931 0.0081370
3-1  -22.13216 -393.20690  348.9426 0.9890452
3-2 -478.48889 -818.45440 -138.5234 0.0031404

Но это игнорирует событие (переменная d3), поэтому я бы не стал обращать внимания на результаты.

...