Это составит гистограмму из всех значений:
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
df = pd.DataFrame([
[0, 0, 1, 2, 0, 5],
[1, 3, 2, 0, 2, 5],
[12, 0, 0, 1, 3, 9],
[3, 4, 7, 8, 9, 0],
[0, 0, 0, 0, 1, 1],
[3, 4, 4, 5, 1, 0],
])
plt.hist(df.to_numpy().flatten())
plt.show()

В качестве альтернативы вы можете использовать:
df.stack().hist(grid=False)
plt.show()
чтобы получить точно такой же результат.