Как я могу найти строку, которая может или не может быть в двух строках? - PullRequest
Новая
       47

Как я могу найти строку, которая может или не может быть в двух строках?

0 голосов
/ 16 апреля 2020

Так что я пытаюсь собрать как последовательность чисел после строки. Однако позиция строки в блоке текста, через который я сортирую, может сильно измениться.

Вот полный код, с которым я сейчас работаю: 

echo name HF MP2 | cat > allE

for i in *.out
    do grep "Slide" $i | cut -d "\\" -f2 | cat | tr -d '\n' > $i.name && 
    grep "EUMP2" $i | cut -d "=" -f3 | cut -c 1-25 | tr '\n' ' ' >> $i.mp2 && 
    grep 'AG\\HF' $i | cut -d "=" -f3 | cut -c 1-13 | tr '\n' ' ' >> $i.hf && 
    paste $i.name >> $i.energies &&
    paste $i.hf >> $i.energies &&
    sed -i 's/[ABCEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ]//g' $i.mp2 &&
    paste $i.mp2 >> $i.energies &&
    transpose $i.energies >> $i.allE #temp.txt &&
    #cat temp.txt > $i.energies
    #echo $i is finished
done

echo see allE for energies

rm *.energies #temp.txt
rm *.name
rm *.mp2

Строка, которой я являюсь ищу это AG \ HF. Проблема в том, что данные, которые они ищут, могут выглядеть так (Примечание: в этих данных есть настоящие символы новой строки, которые, я думаю, вызывают небольшую проблему) 

 1\1\GINC-N076\SP\RMP2-FC\CC-pVDZ\C12H12\R2536\09-Apr-2020\0\\# mp2/cc-
 pVDZ\\Squish3_Slide0\\0,1\H,0,0.,2.4822,0.\C,0,0.,1.3948,0.\C,0,0.,-1.
 3948,0.\C,0,1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,-0.6974
 ,0.\C,0,1.2079,-0.6974,0.\H,0,2.1497,1.2411,0.\H,0,-2.1497,1.2411,0.\H
 ,0,-2.1497,-1.2411,0.\H,0,2.1497,-1.2411,0.\H,0,0.,-2.4822,0.\C,0,0.,1
 .3948,3.\C,0,0.,-1.3948,3.\C,0,1.2079,0.6974,3.\C,0,-1.2079,0.6974,3.\
 C,0,-1.2079,-0.6974,3.\C,0,1.2079,-0.6974,3.\H,0,0.,2.4822,3.\H,0,2.14
 97,1.2411,3.\H,0,-2.1497,1.2411,3.\H,0,-2.1497,-1.2411,3.\H,0,2.1497,-
 1.2411,3.\H,0,0.,-2.4822,3.\\Version=ES64L-G09RevD.01\State=1-AG\HF=-4
 61.3998608\MP2=-463.0005321\RMSD=3.490e-09\PG=D02H [SG"(C4H4),X(C8H8)]
 \\@

ИЛИ 

 1\1\GINC-N076\SP\RMP2-FC\CC-pVDZ\C12H12\R2536\09-Apr-2020\0\\# mp2/cc-
 pVDZ\\Squish3.1_Slide0\\0,1\H,0,0.,2.4822,0.\C,0,0.,1.3948,0.\C,0,0.,-
 1.3948,0.\C,0,1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,-0.69
 74,0.\C,0,1.2079,-0.6974,0.\H,0,2.1497,1.2411,0.\H,0,-2.1497,1.2411,0.
 \H,0,-2.1497,-1.2411,0.\H,0,2.1497,-1.2411,0.\H,0,0.,-2.4822,0.\C,0,0.
 ,1.3948,3.1\C,0,0.,-1.3948,3.1\C,0,1.2079,0.6974,3.1\C,0,-1.2079,0.697
 4,3.1\C,0,-1.2079,-0.6974,3.1\C,0,1.2079,-0.6974,3.1\H,0,0.,2.4822,3.1
 \H,0,2.1497,1.2411,3.1\H,0,-2.1497,1.2411,3.1\H,0,-2.1497,-1.2411,3.1\
 H,0,2.1497,-1.2411,3.1\H,0,0.,-2.4822,3.1\\Version=ES64L-G09RevD.01\St
 ate=1-AG\HF=-461.4104442\MP2=-463.0062587\RMSD=3.651e-09\PG=D02H [SG"(
 C4H4),X(C8H8)]\\@

ИЛИ 

 1\1\GINC-N076\SP\RMP2-FC\CC-pVDZ\C12H12\R2536\09-Apr-2020\0\\# mp2/cc-
 pVDZ\\Squish3.3_Slide1.7\\0,1\H,0,0.,2.4822,0.\C,0,0.,1.3948,0.\C,0,0.
 ,-1.3948,0.\C,0,1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,-0.
 6974,0.\C,0,1.2079,-0.6974,0.\H,0,2.1497,1.2411,0.\H,0,-2.1497,1.2411,
 0.\H,0,-2.1497,-1.2411,0.\H,0,2.1497,-1.2411,0.\H,0,0.,-2.4822,0.\C,0,
 0.,-0.3052,3.3\C,0,0.,-3.0948,3.3\C,0,1.2079,-1.0026,3.3\C,0,-1.2079,-
 1.0026,3.3\C,0,-1.2079,-2.3974,3.3\C,0,1.2079,-2.3974,3.3\H,0,0.,0.782
 2,3.3\H,0,2.1497,-0.4589,3.3\H,0,-2.1497,-0.4589,3.3\H,0,-2.1497,-2.94
 11,3.3\H,0,2.1497,-2.9411,3.3\H,0,0.,-4.1822,3.3\\Version=ES64L-G09Rev
 D.01\State=1-AG\HF=-461.436061\MP2=-463.0177441\RMSD=7.859e-09\PG=C02H
  [SGH(C4H4),X(C8H8)]\\@

ИЛИ 

 1\1\GINC-N076\SP\RMP2-FC\CC-pVDZ\C12H12\R2536\09-Apr-2020\0\\# mp2/cc-
 pVDZ\\Squish3.6_Slide0.9\\0,1\H,0,0.,2.4822,0.\C,0,0.,1.3948,0.\C,0,0.
 ,-1.3948,0.\C,0,1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,0.6974,0.\C,0,-1.2079,-0.
 6974,0.\C,0,1.2079,-0.6974,0.\H,0,2.1497,1.2411,0.\H,0,-2.1497,1.2411,
 0.\H,0,-2.1497,-1.2411,0.\H,0,2.1497,-1.2411,0.\H,0,0.,-2.4822,0.\C,0,
 0.,0.4948,3.6\C,0,0.,-2.2948,3.6\C,0,1.2079,-0.2026,3.6\C,0,-1.2079,-0
 .2026,3.6\C,0,-1.2079,-1.5974,3.6\C,0,1.2079,-1.5974,3.6\H,0,0.,1.5822
 ,3.6\H,0,2.1497,0.3411,3.6\H,0,-2.1497,0.3411,3.6\H,0,-2.1497,-2.1411,
 3.6\H,0,2.1497,-2.1411,3.6\H,0,0.,-3.3822,3.6\\Version=ES64L-G09RevD.0
 1\State=1-AG\HF=-461.4376969\MP2=-463.0163868\RMSD=7.263e-09\PG=C02H [
 SGH(C4H4),X(C8H8)]\\@

И несколько других возможных комбинаций.
В настоящее время я использую grep с = в качестве разделителя, и это работает около 60 % времени. Grep выглядит следующим образом: 

grep 'AG\\HF' $i | cut -d "=" -f3 | cut -c 1-13 | tr '\n' ' ' >> $i.hf

Этот grep будет встречаться много раз в одном и том же файле.

Будем весьма признательны за любые предложения по последовательному сбору требуемых 13 символов. .

Конечный результат должен выглядеть следующим образом: 

-461.4440942  -461.4441024  -461.4441114  -461.4441212  -461.4441321  -461.4441575  -461.4441725  -461.4441893  -461.444208  -461.4442289  -461.4442522  -461.444278  -461.4443063  -461.4443371  -461.4444054  -461.4444421  -461.4444798  -461.4445175  -461.4445544  -461.4445891

На самом деле я получаю комбинацию желаемого результата и этого: 

-461.4417716\ -461.4413023\ 1-AG\HF -461.439848\M -461.4387568\ -461.4373225\ -461.4354367\ -461.4329522\ -461.4296709\ -461.4253285\ -461.419576\M -461.4119582\ 1-AG\HF -461.4432257\ -461.4431843\ -461.4431419\ -461.443098\M -461.4430519\ 1-AG\HF -461.4429461\ -461.4428799\ -461.4427974\ -461.4426902\ -461.4425469\ -461.4423525\ -461.4420882\ -461.4417302\ -461.4412489\ 1-AG\HF -461.439758\M -461.4386392\ -461.4371684\ -461.4352341\ -461.4326853\ -461.4293183\ -461.4248614\ -461.4189557\ -461.411132\M 1-AG\HF -461.4432226\ -461.443181\M -461.4431381\ -461.4430938\ -461.4430472\ 1-AG\HF -461.4429401\ -461.4428728\ -461.4427889\ -461.44268\MP -461.4425343\ -461.4423369\ -461.4420684\ -461.4417048\ -461.4412162\ 1-AG\HF -461.4397026\ -461.4385667\ -461.4370734\ -461.4351091\ -461.4325204\ -461.4291001\ -461.424572\M -461.4185707\ -461.4106184\ 1-AG\HF -461.4432215\ -461.4431798\ -461.4431369\ -461.4430924\ -461.4430457\ 1-AG\HF -461.442938\M -461.4428704\ -461.4427861\ -461.4426766\ -461.4425301\ -461.4423316\ -461.4420617\ -461.4416963\ -461.4412051\ 1-AG\HF -461.4396839\ -461.4385423\ -461.4370413\ -461.4350669\ -461.4324646\ -461.4290263\ -461.4244739\ -461.4184402\ -461.4104442\ 1-AG\HF

Использование строки 

    awk -v ORS=' ' -F= '$3 ~ /AG\\HF$/{print substr($4, 1, 12)}' $i >> $i.hf &&

Все, что было выведено, было 

                     -4 -4 -4

1 Ответ

1 голос
/ 16 апреля 2020

Вы можете использовать этот единственный awk: 

awk -F= '$3 ~ /AG\\HF$/{print substr($4, 1, 12)}' file


-461.3998608
-461.4104442
-461.4440942
-461.4441483

Чтобы получить вывод в одну строку: 

awk -v ORS=' ' -F= '$3 ~ /AG\\HF$/{print substr($4, 1, 12)}' file
...