Вам не нужно обращаться к treeController, чтобы получить ваши объекты, вы можете напрямую запросить ваш ManagedObjectContext.
По сути, вы создаете и выполняете запрос на выборку, который возвращает NSArray. В этом процессе вы также устанавливаете предикат для выборки, поэтому, если вы используете его для фильтрации ваших данных, это также полезно.
Вот пример из документации Apple по Извлечение управляемых объектов .