Не думаю, что для этого есть команда. Потому что pub не может знать, есть ли у вас старый проект, который зависит от одной из этих старых версий пакета, или нет.
Самый простой способ удалить старые пакеты - просто удалить .pub-cache
. При первом запуске flutter pub get
те, которые вы фактически используете, будут загружены повторно. Это избавит от неиспользованных.