Сертификаты, подписанные root CA, являются доверенными. Это природа PKI. Если вы поместите RootCA-сертификаты в хранилище CA, все сертификаты, подписанные этим сертификатом, будут действительными. Тем не менее ...
Обычно считается неразумным подписывать сертификаты конечных пользователей с помощью root. Это долговечный сертификат, который служит краеугольным камнем всей инфраструктуры. На вашем месте я бы рассмотрел объединение PKI и перевыпуск сертификатов конечных пользователей и серверов с использованием промежуточного CA.