ОШИБКА: длинные векторы (аргумент 1) не поддерживаются в. C [при вызове 'silhouette.default'] с NMF пакета R - PullRequest
Новая
       78

ОШИБКА: длинные векторы (аргумент 1) не поддерживаются в. C [при вызове 'silhouette.default'] с NMF пакета R

0 голосов
/ 26 марта 2020

В настоящее время я использую version 3.6.0 (2019-04-26) на сервере с 264 ГБ памяти и процессором Intel (R) Xeon (R). Теперь я пытаюсь запустить вычисление примерно для (5*10^4) * 1100 matrix, оно хорошо работает, когда я устанавливаю определенный c ранг, например: 

m1<-nmf(df.aa,rank=4,nrun=1, seed=123456,.opt='vP')

, который он возвращает : 

NMF algorithm: 'brunet'
NMF seeding method: random
Iterations: 2000/2000 
DONE (stopped at 2000/2000 iterations)

Однако, когда я попытался установить ряд чисел ранга, таких как: 

m2 <- nmf(df.aa,rank=c(2:3),nrun=1, seed=123456,.opt='vP')

, он выдал ошибку: 

    Compute NMF rank= 2  ... + measures ... ERROR
    Compute NMF rank= 3  ... + measures ... ERROR
    Error in (function (...)  : All the runs produced an error:
      -#1 [r=2] -> long vectors (argument 1) are not supported in .C [in call to 'silhouette.default']
      -#2 [r=3] -> long vectors (argument 1) are not supported in .C [in call to 'silhouette.default'] ```

Я бы сказал, что это немного раздражало меня ... Я провел некоторые исследования в inte rnet, но до сих пор не знаю, как это исправить. Может быть, причина в том, что я достиг определенных пределов памяти самого пакета , или он просто достиг предела памяти самого сервера? Любая информация будет высоко ценится. 

    dim(df.aa)
[1] 54293  1091
...