Вы просто хотите запускать файлы классов, которые просто так связаны в WAR, или вы не хотите взаимодействовать с действующим экземпляром WAR? Если первое, то WAR - это просто обычный файл Jar, и вы можете выполнять классы в этом, как и любой другой файл Jar.
Если вы хотите взаимодействовать с запущенной WAR, то вы можете посмотреть на JMX.
Все текущие JDK (минимум 1.5+) поставляются с JMX «бесплатно». Легко создавать небольшие классы интерфейса для использования в качестве команд для взаимодействия с вашей WAR.
Тогда вам потребуется создать программу командной строки, которая подключается к WAR через JMX, или вы можете использовать инструмент, такой как JConsole (который поставляется с JDK, но это GUI), для взаимодействия с вашим экземпляром. Есть и другие клиенты JMX.
Если ничего из этого не привлекательно, всегда есть веб-сервисы.