Используя встроенный набор данных mtcars вместо вашего большого набора данных, используйте оператор %in%
для подстановки тех, которые находятся во фрейме справочных данных (ваш меньший), и !
, чтобы сделать его "не входящим". Измените имена и переменные данных в соответствии с вашими потребностями.
# SETUP
refDF <- data.frame("ID" = c(4,6))
# SOLUTION
mtcars[!mtcars$cyl %in% refDF$ID,]