Я бы использовал pyinstaller , чтобы объединить Python, мой код и все мои зависимости в один исполняемый файл установщика, загрузить его и запустить. Просто убедитесь, что вы используете SVN-магистраль pyinstaller - «выпущенная» версия НАСТОЯТЕЛЬНО устарела.
Имейте в виду, что с SQLAlchemy и всем остальным, с CGI вы можете обнаружить, что вы действительно медлительны, так как вы платите полную стартовую цену при каждом посещении страницы. Но если CGI - это все, что вы можете себе позволить, я думаю, что именно так я и буду пытаться справиться! -)