Я не думаю, что вам даже придется использовать PHP, чтобы сделать это.
При условии, что базы данных находятся в одном и том же экземпляре MySQL, вы можете просто использовать перекрестный запрос к базе данных, чтобы выбрать данные из одной таблицы и перенести их в другую. Например, включая ваше желание очистить стол перед раздачей:
TRUNCATE TABLE DatabaseA.Table1;
INSERT INTO DatabaseA.Table1A SELECT
ColumnFoo, ColumnBar, ColumnBaz
FROM DatabaseB.Table1B;
Вы можете записать это в PHP-скрипт, который затем может вызвать cron. Любой другой язык сценариев с адаптером MySQL, вероятно, подойдет.
Выполнение этого путем загрузки данных в сценарий и последующего редукции обратно в БД потребует гораздо большей пропускной способности сети, хранения и обработки, чем необходимо.
Последнее замечание: если вы начнете использовать другие базы данных позже, помните, что не все из них поддерживают запросы между базами данных (я знаю, по крайней мере, PostgreSQL, который не поддерживает).