Некоторые поля в моих документах в MongoDB кодируются с использованием base64. Как я могу автоматически декодировать все эти поля во всех моих документах?
Вы можете создать пользовательскую функцию MongoDB.
https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/store-javascript-function-on-server/
И использовать оператор $ where в поиске () запросов, но вы не сможете использовать их в конвейере агрегации.