Это не правильный способ удаления предметов, вам нужно сделать что-то вроде этого.
while (parent.getItemCount() > 0) {
parent.removeChild(parent.getFirstChild());
}
Это обеспечит необходимую вам функциональность!
Более подробную информацию об использовании компонента Tree можно получить здесь .