Я столкнулся с проблемой при использовании пакета missMethyl , с использованием функции 'gsameth' .
Используя эту функцию, я хочу указать, какие наборы генов Я хочу включить в свой тест (по сравнению с функцией 'gometh', которая тестирует только в путях GO - и KEGG). Необходимо, чтобы у genelist были идентификаторы гена Entrez для каждого гена. Из базы данных молекулярных подписей Broads я скачал то, что хочу использовать в качестве своего генелиста. Это курированный набор генов C2 (файл .rdata) (отсюда)
Я попытался запустить в R следующее:
gsa <- gsameth(sig.cpg = sigCpGs, all.cpg = rownames(top), collection = genesets)
topGSA(gsa)
наборы генов: набор курируемых генов, Выдержка из списка выглядит следующим образом:
[ [1] ] $REACTOME_OPSINS
[1] "10692" "62764" "38384" "34843" "848312"
[ [1] ] $REACTOME_POL_SWITCHING
[1] "1483" "34345" "05948"
Полученное сообщение об ошибке: «Ошибка в коллекции [[i]]: индекс за пределами» Проблема в том, что существует нет ли уровней в genelist? Что будут означать уровни в этом контексте?
Как я могу решить эту проблему? Спасибо!