Добавление генов в MissMethyl - PullRequest
0 голосов
/ 26 марта 2020

Я столкнулся с проблемой при использовании пакета missMethyl , с использованием функции 'gsameth' .

Используя эту функцию, я хочу указать, какие наборы генов Я хочу включить в свой тест (по сравнению с функцией 'gometh', которая тестирует только в путях GO - и KEGG). Необходимо, чтобы у genelist были идентификаторы гена Entrez для каждого гена. Из базы данных молекулярных подписей Broads я скачал то, что хочу использовать в качестве своего генелиста. Это курированный набор генов C2 (файл .rdata) (отсюда)

Я попытался запустить в R следующее:

gsa <- gsameth(sig.cpg = sigCpGs, all.cpg = rownames(top), collection = genesets)
topGSA(gsa)

наборы генов: набор курируемых генов, Выдержка из списка выглядит следующим образом:

[ [1] ] $REACTOME_OPSINS
[1] "10692"    "62764"    "38384"   "34843"    "848312"

[ [1] ] $REACTOME_POL_SWITCHING
[1] "1483"    "34345"    "05948"

Полученное сообщение об ошибке: «Ошибка в коллекции [[i]]: индекс за пределами» Проблема в том, что существует нет ли уровней в genelist? Что будут означать уровни в этом контексте?

Как я могу решить эту проблему? Спасибо!

...