Я бы сказал, используйте панель инструментов, потому что вы никогда не знаете, когда появится следующий проект, и он вам понадобится. Вы также никогда не знаете, когда этот проект может понадобиться. Я не думаю, что есть какой-то реальный недостаток использования его поверх StackPanel, и преимущество, которое вы не упомянули, заключается в том, что вы будете иметь больше опыта со встроенным элементом управления для следующего проекта.
С другой стороны, я не вижу никакого вреда в использовании его со StackPanel, только в том случае, если вам нужно расширить функциональность в будущем, вам придется сделать некоторые переделки.